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El Laboratorio de Calidad de Aguas, que cuenta con un equipo humano de 20 personas, se sitúa en un edificio moderno, adaptado a su actividad, donde se dispone de suficiente capacidad, seguridad, instalaciones, servicios, e instrumentos necesarios para cumplir con los trabajos que le son encomendados.

Se analizan anualmente alrededor de 4000 muestras y 70000 parámetros. Las matrices son las aguas continentales y residuales, sedimentos y biota. En una muestra se pueden analizar hasta 185 parámetros diferentes.

Paralelamente a los trabajos analíticos, se está en continuo desarrollo de métodos para el análisis de nuevas sustancias contaminantes que aparecen en las listas de observación de la Unión Europea.
Además, se realiza un exhaustivo trabajo de validación de los resultados obtenidos tanto propios como de otros laboratorios externos  para aguas superficiales y subterráneas, alcanzando en este último caso las 11000 muestras y 200000 parámetros externos validados al año.

Se colabora con el Servicio de Protección de la Naturaleza de la Guardia Civil y otros Organismos Públicos, Juzgados, Gobierno de Aragón o Comunidades Autónomas de la Cuenca tanto en análisis de muestras como en asesoramiento técnico.

Finalmente, se asesora a la Dirección General del Agua del MITECO, en cuestiones de índole analítica y en cuanto a las evaluaciones de empresas que solicitan el título de Entidades Colaboradoras de la Administración Hidráulica.